Le Conseil scientifique de l’ONE, les Collèges médicaux, les Conseillers pédagogiques, la Direction Recherche et Développement (DRD), la Banque de Données Médico-sociales (BDMS) et le Fonds Houtman sont les principales ressources scientifiques de l'ONE.

Celles-ci lui permettent d'améliorer sans cesse ses connaissances (sur l'enfance, la maternité, l’accueil de l’enfant, le soutien à la parentalité) et d'évaluer ses missions et de les adapter à l’évolution de la société.

Depuis 2016, l’ONE a décidé de se mobiliser avec le monde académique autour d’un consortium interuniversitaire, ONE Academy. L’objectif de cette collaboration est de promouvoir une approche novatrice interdisciplinaire et interuniversitaire, d’impulser une dynamique réciproque entre les équipes de terrain et les équipes de recherche pour dégager des projets communs.

A côté de l'ensemble des organes scientifiques qui le nourrisse et des différentes recherches qu'il développe, l’ONE procède également à la récolte de données concernant son domaine d’action (accueil de l’enfance, maltraitance, données socio-démographiques). 

Dans certaines situations, l'Office peut également accompagner les étudiants/doctorants pour leur travail de fin d'études/mémoire/doctorat et le cas échéant, leur permettre de faire appel à ses structures.